Белок-нуклеиновое распознавание представляется весьма сложным процессом, и найти код – соответствие между типами аминокислотных остатков и типами распознаваемых нуклеиновых оснований - было мечтой множества исследователей. Однако спустя годы стало понятно, что простого, однозначного кода белок-нуклеинового распознавания не существует. Существует ли вырожденный код, когда одному типу нуклеотидов соответствует определенная группа аминокислотных остатков? Ответ на этот вопрос даётся в настоящей работе.
Для поиска вырожденного кода белок-нуклеинового узнавания, было предложено создать классификацию аминокислот на основе анализа существующих структур белок-ДНК комплексов. Аминокислотные остатки в составе белков, взаимодействующих с ДНК, образуют пространственные контакты с нуклеиновыми основаниями и сахарофосфатным остовом ДНК. Эти контакты отражают некие физические принципы, лежащие в основе белок-нуклеиновых взаимодействий. Можно предположить, что эти контакты отражают физико-химические свойства аминокислотных остатков и нуклеотидов. Таким образом, статистика контактов аминокислот с нуклеотидами может служить основанием для создания независимой классификации аминокислотных остатков, наилучшим образом применимой для создания вырожденного кода белок-ДНК узнавания.
Ниже анализ «поведения» аминокислотных остатков по отношению к нуклеотидам ДНК проводится на основе обширной статистики белок-ДНК контактов, полученной с помощью разбиения Вороного-Делоне. Впервые в основу классификации аминокислот положено распределение площади контактов остатков и нуклеотидов в белок–нуклеиновых комплексах.