В работе предложен новый подход к разработке схемы управления межрегиональными автобусными перевозками, базирующийся на созданным авторами методе независимой много-вариантной экспертизы (НМВЭ), излагается методическая и алгоритмическая база, реализующая этот подход. Помимо заочного варианта работы экспертов в экспертных комиссиях, существенное отличие НМВЭ от классических методов коллективной многовариантной экспертизы состоит в том, что разрабатываются не варианты решения исходной задачи в целом, а выявляются и разрабатываются варианты решения независимых проблем, в совокупности покрывающих исходную задачу. Эффективность метода независимой многовариантной экспертизы подтверждена результатами его применения к конкретной прикладной задаче - управление межрегиональными автобусными перевозками по направлению «Москва – Северо-кавказский ФО».