Разработана модификация метода коллективной многовариантной экспертизы (КМВЭ), адекватная задачам межведомственного типа, названная методом независимой коллективной многовариантной экспертизы (НМВЭ). Основным и весьма существенным отличием разработанного метода НМВЭ от метода КМВЭ состоит в том, что в процессе экспертизы разрабатываются не варианты решения исходной задачи в целом, а выявляются и разрабатываются варианты решения относительно независимых проблем, связанных с исходной задачей, совокупное решение которых обеспечивает также решение и исходной задачи. Реализация метода НМВЭ разбивается на 5 основных этапов: формирование списка кандидатов в эксперты; формирование списка относительно независимых проблем экспертизы; оценка компетентности потенциальных экспертов; формирование экспертных комиссий, в том числе для проблем, по которым имеются разногласия; работа сформированных экспертных комиссий. В заключение работы НМВЭ консалтинговая группа, проводившая экспертизу, формирует итоговый проект решения задачи. Метод независимой коллективной многовариантной экспертизы использовался при решении крупномасштабных прикладных задач – задачи организации и управления рынком межрегиональных автобусных перевозок и задачи создания интеллектуальной системы управления лечебно-диагностическими процессами в крупном медицинском учреждении.