Сервер QASDOM (Quality ASsessment of Docking Models) это простой и
эффективный инструмент для одновременного анализа, оценки и ранжирования
наборов моделей взаимодействия рецептор-лиганд (комплексов), построенных
методами глобального докинга, в режиме реального времени. Моделирование при
помощи нескольких серверов, использующих разные алгоритмы докинга, позволяет
более достоверно предсказать сайты взаимодействия. Однако оценка и сравнение всех
моделей экспертом трудоемка и практически неприменима для большого объема такого
моделирования. Данный инструмент разработан для пользователей, которым
необходимо проанализировать набор моделей докинга большого объема, полученный
разными способами и инструментами предсказания, оценить вероятность вовлечения
тех или других остатков в процесс узнавания, ранжировать модели по критериям
качества и выбрать наилучшую модель. Сервер позволяет визуализовать участки
последовательности рецептора и лиганда, вовлеченные во взаимодействия, и
отобразить в трехмерном пространстве структуры моделей комплекса рецептор-лиганд.
Каждой модели присваивается две независимых оценки, характеризующие
качество модели в данном наборе моделей докинга. В качестве входных данных сервер
QASDOM принимает модели докинга в формате PDB, построенные серверами Hex,
SwarmDock, ClusPro, Gramm-X, Zdock, а также любые другие модели комплексов в
формате PDB, заархивированные в форматах zip, tar, tar.gz или без архивации. В
качестве рецептора и лиганда в комплексах могут рассматриваться молекулы любой
природы, включая белок-нуклеиновые комплексы, и допускаются любые химические
модификации в составе рецептора или лиганда.