Вычислены контакты атомов аминокислотных остатков белков с атомами ДНК раздельно для большой, малой бороздок и сахарофосфатного остова (1937 комплексов). Показано, что контакты между атомами белка и сахарофосфатным остовом ДНК составляют 74,3%, с атомами большой бороздки 17,3%, с атомами малой бороздки 8,4% от общего числа контактов. Аргинин и лизин формируют наибольшее число контактов в каждой группе (21,3-24,4% и 7,2-9,2% соответственно). Число контактов атомов нуклеотидов с атомами ДНК коррелирует с площадью доступной поверхности (по большой бороздке 0,94, по малой бороздке 0,93). Показано, что атомы DA_N7, DA_N6, DT_O4, DG_N7 большой и DA_N3, DT_O2, DG_N3, DC_O2 малой бороздок взаимодействуют чаще.