Рассматривается структурная организация специализированной геоинформационной системы (СГИС) с детализацией основных операций в ней, сложности проблемы выбора структурной организации формулировкой алгоритма функционирования, влияющего на структуры проектируемых систем. Кроме того, показана задача выбора лучшей системы для одного варианта структуры, которая сводится к определению кратчайшего пути на графе обобщённой модели и определение выбора лучшей структурной организации системы.