В докладе рассмотрены методы автоматической сборки белков. На сегодняшний день существуют два основных подхода: поиск по базам данных и подход de novo. Наибольший интерес представляет подход de novo сборки. Его достоинствами являются линейная сложность и возможность получения неизвестных пептидных последовательностей. Основной идеей данного подхода является построение графа де Брюина возможных перестановок на основе данных массспектрометрии. Пики спектрограммы соответствуют вершинам графа, а расстояния между пиками соответствуют ребрам. Проведен подробный анализ использования графов для сборки белковых последовательностей, построенных по спектрам, а также представлены основные задач, решение которых необходимо для более эффективного применения подхода de novo.