Предлагается прикладной подход к исследованию проблем практического использования математических методов структурной идентификации в условиях априорной структурной неопределенности. Разрабатывается содержательная постановка задачи исследования рисков, возникающих при практическом использовании математических методов структурной идентификации на предпроектных стадиях создания систем автоматического управления с требуемыми свойствами. Приводятся результаты предварительного исследования рисков. Предлагаются основные ключевые понятия и определения для научных исследований по структурной идентификации.