Рассматривается использование непараметрической оценки взаимной информации для выяснения связи между случайными величинами. Показано, что при наличии нелинейной связи между случайными величинами коэффициент корреляции может давать неверный результат. Предложен метод построения оценки взаимной информации по эмпирическим данным в абстрактном гильбертовом пространстве с воспроизводящим ядром. Используя обобщённую теорему о представителе предложен метод непараметрической оценки взаимной информации. Работоспособность метода продемонстрирована на примерах анализа искусственных данных. Описано применение метода при прогнозировании устойчивости пентапептидов.